不動産を複数人で所有している「共有名義」の場合、持分（所有権の割合）だけを売却することが可能です。相続や共同購入などで生まれた持分を手放したいときに、持分の売却という選択肢は有効ですが、売却による利益が出た場合には確定申告が必要になるケースがあります。

そこで本記事では、不動産共有持分を売却したときの確定申告について、初心者の方にも理解しやすいように徹底解説します。難しい専門用語はできるだけ避け、検索上位を意識した構成でまとめました。「持分だけを売っても税金がかかるのか」「どのように計算すればいいのか」といった疑問に答えながら、申告手順をわかりやすく紹介しますので、ぜひ最後までご覧ください。

共有持分を売却するとき、なぜ確定申告が必要なのか？

不動産を売却するときは、一般的に譲渡所得（売却による利益）に対して税金がかかります。これは不動産全体を売却した場合だけでなく、共有持分だけを売却した場合でも同様です。
税金の計算方法や申告の時期などは、通常の不動産売却とほぼ同じですが、「共有持分の売却」という点が手続きや計算でやや複雑さを増す要因となります。

もし譲渡益が出たにも関わらず、確定申告を行わないと、追徴課税などのペナルティが発生する場合もあるため、売却後は必ず確定申告の必要性を確認しておきましょう。

譲渡所得とは？計算の基本をおさえよう

不動産を売却したときにかかる税金は、簡単に言えば「売ったときの金額（売却価格）から、買ったときや維持管理の経費を差し引いた利益部分」に対して課されます。この利益部分を「譲渡所得」と呼びます。

譲渡所得の計算式

不動産全体を売却するときと同様、譲渡所得は以下の式で計算されます。

譲渡所得 ＝ 収入金額 －（取得費 ＋ 譲渡費用）

• 収入金額：共有持分を売却した際に実際に受け取った金額
• 取得費：もともと持分を取得したときの費用（購入代金や仲介手数料など）
• 譲渡費用：売却のためにかかった仲介手数料や印紙代など

通常の不動産売却と同じ考え方ですが、「共有持分の場合、取得費や売却費用をどう配分するか」がポイントになります。たとえば、建物や土地全体の取得費がわかっていても、自分が持っている持分が全体の何％なのかによって、取得費として計上できる金額が変わる場合があります。

共有持分の取得費をどう考える？

共有持分を売却するとき、問題になりがちなのが「取得費はどのように計算すればいいのか」という点です。取得費を正しく計上できないと、譲渡所得が大きくなりすぎて税額も高くなる恐れがあります。

1. もともと共有で購入した場合

夫婦や兄弟で土地や建物を共同購入したとき、各自の出資割合に応じて取得費を割り振るのが基本です。具体的には、購入金額を実際の出資比率や登記簿上の持分割合に応じて配分し、自分の取得費を算出します。

例えば、「総額2,000万円で土地を購入し、あなたが40％出資した」のであれば、あなたの取得費は800万円と考えられます。ただし、仲介手数料や登記費用などの購入時にかかった費用も忘れずに含めて下さい。

2. 相続で共有持分を取得した場合

相続によって取得した共有持分の場合は、被相続人（亡くなった方）の取得費を引き継ぐ形になります。
相続税評価額や相続時の評価額とは別に、亡くなった方が実際に不動産を購入した時の金額（もしくは建築した時の費用）をもとに、やはり持分に応じて計算するイメージです。
しかし、もし被相続人の取得費がわからない場合、国税庁のルールで売却金額の5％を取得費とみなせる特例があります（概算取得費）。

譲渡所得にかかる税金の種類

不動産の譲渡所得に対する税金は、大きく下記のように分かれます。

1. 所得税

譲渡所得は通常の所得と区別され、「分離課税」という形で別枠で計算します。
長期譲渡所得（所有期間が5年超）と短期譲渡所得（所有期間5年以下）で税率が異なるため、自分の共有持分の取得日がいつだったのかを確認することが重要です。

2. 住民税

譲渡所得には住民税も課されます。こちらも所有期間が5年を超えるかどうかで税率が変わりますが、自治体によって多少の違いがある場合があります。基本的には長期譲渡か短期譲渡かによって変動する点は所得税と同じです。

3. 復興特別所得税

東日本大震災の復興財源確保のため、所得税に加算される税金です。
令和19年分（2027年分）まで課される予定で、所得税額の2.1％が上乗せされます。

申告手続きの流れ：いつ、どこで、何をする？

共有持分を売却して譲渡益が出た場合、翌年の2月16日から3月15日までに確定申告を行う必要があります。以下に、大まかなステップを示します。

1. 必要書類の準備

確定申告には、次のような書類が必要です：

• 売買契約書：共有持分を売ったときの契約書
• 購入（取得）時の契約書：持分を取得した際の契約書や領収書など
• 仲介手数料の領収書：売買時や購入時の不動産会社への手数料
• 固定資産税の納税通知書：所有期間を確認するためなど
• その他経費の証明書類：印紙代や登録免許税など
• 源泉徴収票（他の所得がある場合）

特に、取得費に関係する書類がそろっていないと、正確な譲渡所得の計算ができず、結果的に税金を余計に払うことになりかねません。できるだけ多くの証拠書類を保存しておきましょう。

2. 申告書を作成する

税務署の窓口や国税庁のウェブサイトで入手できる「確定申告書B」と「分離課税用の申告書」、さらに不動産の譲渡所得を計算するための「第三表（不動産などの譲渡所得の計算明細書）」を使って書き込んでいきます。
インターネット（e-Tax）を利用すると計算を自動化できるので便利です。

3. 税務署へ提出・納付

提出期限は毎年3月15日（3月15日が休日の場合は翌営業日）で、納付も同日が期限です。遅れると延滞税や加算税が課される可能性があるため、余裕をもって手続きを進めましょう。
また、損失が出た場合は確定申告をしなくても問題ないケースがありますが、特例や損失繰越控除を受けたいなら申告が必要です。

長期譲渡か短期譲渡かで税率が変わる

不動産の譲渡所得には、所有期間によって課税方法が変わる点が大きな特徴です。
共有持分の場合も同じルールが適用されるため、売却した持分の所有期間が5年を超えているかどうかをまず確認しましょう。

1. 長期譲渡所得

所有期間が5年超の場合です。一般的に、譲渡所得（課税譲渡所得）に対して約20％（所得税15％＋住民税5％＋復興特別所得税2.1％の上乗せ）程度の税率になります。
自宅用の不動産ならば、3,000万円特別控除などが適用される場合もありますが、共有持分の売却の場合は、その持分に対応する使用実態などが考慮されることになるでしょう。

2. 短期譲渡所得

所有期間が5年以下の場合です。この場合、譲渡所得に対する税率は約39％（所得税30％＋住民税9％＋復興特別所得税2.1％の上乗せ）と高めに設定されています。
短期譲渡所得は税負担が重くなるため、売却のタイミングを検討するときは、所有期間も重要な要素となります。

特例・控除を活用できる可能性

共有持分の売却でも、条件を満たせば下記のような特例が適用できる場合があります。

1. 3,000万円特別控除

自宅として使用していた不動産を売却した場合、譲渡益から3,000万円までを差し引ける特例です。ただし、共有持分のみの売却でも適用されるかどうかは実態（その持分を自分が居住用に使っていたか）によります。
また、親族との共有や相続など、細かい条件があるため、税理士などに確認しましょう。

2. 特定居住用財産の買い替え特例

より広い住宅に買い替える場合などに、譲渡所得の課税を繰り延べできる制度です。これも共有持分の場合、自分の持分が対象になるかどうか細かい要件を満たす必要があります。

3. 相続税の取得費加算の特例

相続などで不動産を取得し、一定期間内に売却する場合、相続税の一部を取得費に加算できる制度です。
これによって譲渡所得が圧縮され、結果的に課税額が減ることがあります。
持分売却でも、同じように相続してから3年10ヶ月以内などの期限や適用条件を満たせば利用可能です。

注意点：損益通算や繰越控除は限定的

株式の譲渡損益通算などと異なり、不動産の譲渡所得は他の所得（給与所得など）と損益通算はできません。
例えば、共有持分を売って損失が出ても、給与所得の税金を減らすことは原則できない点には注意しましょう（自宅用の不動産など特定の場合を除く）。

よくあるQ&A

ここからは、共有持分を売却したときの確定申告に関して、よくある疑問をQ&A形式でまとめます。

Q1：共有持分を売却しても、利益がなければ申告不要？

A：譲渡損（マイナス）が出ている場合、申告しなくても違法ではありません。ただし、損失の繰越控除など特例を受けたい場合は、確定申告が必要です。自宅用かどうかで要件が異なるため、条件を確認しておきましょう。

Q2：取得費が不明で、書類が残っていない場合は？

A：国税庁のルールで概算取得費として売却価格の5％を取得費にできる特例があります。もちろん実際の取得費が判明すればその方が正確ですが、不明な場合はこの特例を使えます。

Q3：自分が共有している持分を身内に売ったら安すぎると言われた…

A：親族間で相場より大幅に安い価格で取引すると、贈与とみなされる可能性があります。その結果、贈与税が課されることもあるため、注意が必要です。適正な時価を把握しておくと安心です。

Q4：確定申告の期限を過ぎた場合はどうなる？

A：申告期限後に申告する「期限後申告」となり、無申告加算税や延滞税が課される可能性があります。できるだけ速やかに申告し、税務署に事情を説明するとよいでしょう。

まとめ

不動産の共有持分を売却する際も、通常の不動産売却と同じく「譲渡所得」に対して税金がかかる可能性があります。確定申告の流れや計算方法は大きく変わりませんが、取得費や所有期間の確認、持分割合の取り扱いなど独特の注意点があります。

特に、取得費を正確に把握できないと、結果的に多めに税金を払うリスクが高まります。売却前から必要書類を揃え、専門家に相談しながら進めることで、スムーズな申告と正確な税額の計算が可能になります。
もし迷った場合は、不動産鑑定士や税理士に意見を求めたり、税務署の相談窓口を活用したりするのがおすすめです。早めに準備して、トラブルを回避しながら共有持分の売却と確定申告を進めていきましょう。

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